بناءً على توجيهات القيادة العامة للقوات المسلحة اعتمدت المدارس الثانوية العسكرية نظاماً تعليمياً خاصاً ومختلفاً عن الكثير من المدارس الخاصة والحكومية في الدولة. فبينما تقوم قيادة المدارس والمدرسة باعتماد مناهجها الخاصة من كافة جوانبها، فقد أسندت المهمة التعليمية لمتعهد أكاديمي لكي يقوم بتنفيذها وفقا للمناهج الدراسية وفقا لتطلعات ومتطلبات القيادة العامة للقوات المسلحة وقيادة المدارس الثانوية العسكرية بحيث يكون منهاجا تعليمياً شاملاً يحقق الأغراض ويلبي الحاجات الطموحة في الوصول إلى المخارج التعليمية المطلوبة.

وبناء على ما تقدم فقد تعاقدت القيادة العامة للقوات المسلحة وقامت بإسناد المهمة التعليمية إلى مؤسسة سابس (SABIS) لإدارة المشاريع (مدارس الشويفات الدولية) بموجب عقد مبرم بين الطرفين والذي بدأ منذ العام الدراسي 2005-2006. وبموجبه ومن بين العديد من المدارس والمؤسسات التعليمية التي تقدمت للتعاقد بتقديم الخدمة التعليمية، فقد وقع الاختيار على مؤسسة سابس وذلك لمدة خبرتها الطويلة والسمعة التي اكتسبتها من خلال عمرها التعليمي الطويل والذي يمتد إلى 129 سنة منذ تأسيس أول مدرسة لها، وسعة انتشار شبكتها التعليمية المكونة من 75 مدرسة موزعة في 15 بلد من العالم. والأهم من ذلك فلسفتها التعليمية والتي تستند على أن نجاح أي مؤسسة تعليمية يقاس بالقيمة المضافة لكل فرد، وتحقيق أهدافها في إعداد طلاب ذوي مؤهلات تعليمية وثقافية متكاملة في العلوم وتطوير مهاراتهم القيادية والاجتماعية مما يؤهلهم لمواجهة التحديات العصرية التي تتطلبها العملية التعليمية للدراسة بالجامعات المحلية والعالمية.